El Infante Don Luis también reunió instrumentos de matemáticas y física experimental, entre ellos globos celestes y terrestres, esferas armilares y planetarias, telescopios, microscopios, termómetros, barómetros, higrómetros y toda una serie de cámaras oscuras. En una visión enciclopédica del mundo no podían faltar imágenes que representasen especímenes del mundo de la fauna. El conjunto también lo componen insectos, peces y mamíferos como una gacela, además de una amplía gama de minerales, metales, mármoles y maderas, sin que falte una amplia colección de conchas, piedras, fósiles y huesos. Algunas piezas fueron artificialmente tratadas, como sucede con un huevo de avestruz decorado con personajes alusivos a diferentes continentes o las figuras construidas con conchas marinas