El Archivo General de Palacio, cuyo núcleo fundamental es la documentación relativa a la administración de la Real Casa y del Patrimonio de la Corona, se creó por Real Decreto en 1814. Sin embargo, antes de la centralización de la documentación en una única oficina, existieron algunos precedentes que deben considerarse como antecedentes del mismo.
Desde el siglo XVI cada una de las juntas encargadas del gobierno de las diferentes Casas Reales existentes, así como las secretarías y oficinas de cuenta y razón conservaba los documentos y expedientes de su respectiva gestión, salvo algunas remesas enviadas al Archivo de Simancas. Tenemos constancia de dos envíos realizados a este Archivo en 1606 y 1718, con documentación de la Real Junta de Obras y Bosques, que tenía a su cargo la administración de las casas, alcázares y bosques reales. Esta documentación hoy forma parte de la Sección Casa Real-Obras y Bosques de dicho Archivo General de Simancas.
El grueso de la documentación generada por el gobierno y administración de las Casas Reales quedó pues en las propias oficinas hasta el siglo XVIII. A lo largo de este siglo asistimos a un proceso de concentración de la documentación en un solo lugar: la Oficina del Grefier. Dicho oficio, de procedencia borgoñona, que se ocupaba de inscribir los asientos de todos los criados del Rey, redactar sus nóminas, llevar las cuentas de los gastos ordinarios y extraordinarios, conservar cuentas, cartas de obligación y otros documentos, actualizar registros, etc., se convirtió de esta forma en el precedente del Archivo.
Durante el reinado de José I, el Reglamento de 23 de septiembre de 1808, que establecía el nuevo sistema administrativo que había de imperar en la Casa Real, contempla por primera vez la denominación de Archivo de la Corona, para designar aquella oficina donde se reuniría toda la documentación relacionada con el personal, las dependencias de la Real Casa y las diferentes administraciones del Patrimonio de la Corona. De esta forma, durante el corto y accidentado periodo napoleónico se hicieron sucesivas transferencias de documentación a este Archivo.
Mientras tanto, el antiguo Archivo del Grefier, que conservaba la documentación de más de 250 años de antigüedad, se había trasladado a la Casa de los Consejos, donde funcionarios de la Tesorería General, antiguos dependientes de la Real Casa, llevaban a cabo la liquidación de cuentas del Reinado de Carlos IV y de esta forma, conseguían evitar la pérdida de documentación.
Por lo tanto, durante el Reinado de José Napoleón, encontramos dos depósitos de archivo. Por una parte, en el Palacio, se ubicaba el recién creado Archivo de la Corona y por otra, en la Casa de los Consejos, donde permanecería hasta la salida definitiva de los franceses, el antiguo Archivo del Grefier que conservaba toda la documentación anterior.
Tras la llegada de la Regencia del Reino a Madrid, antes de la vuelta de Fernando VII, el Conde de Villapaterna, mayordomo mayor interino, advirtió la necesidad de que existiera una oficina de carácter económico-administrativo dentro de la Casa Real para llevar la cuenta y razón y ejecutar los pagos a la servidumbre, con independencia de las oficinas del Estado, ya que durante el siglo XVIII, asuntos relativos a la Real Casa y Patrimonio habían estado al cuidado de varias Secretarías de Estado y del Despacho: Estado, Hacienda y Gracia y Justicia.
El 8 de febrero de 1814 aprobó un reglamento denominado “de cuenta y razón”, en base al cual se iba a reestructurar la Real Casa hasta el regreso de Fernando VII. Dicho reglamento contemplaba la creación de un Archivo, con una plantilla de tres personas: archivero, oficial y portero. Como archivero fue nombrado Ignacio Pérez, antiguo grefier.
Asistimos así a la centralización en el Archivo de todos los documentos de la Real Casa y Patrimonio. El propio Ignacio Pérez se denominaba “Archivero General de su Real Casa, Capilla, Cámara, Caballeriza y Patrimonio Real”. A él se incorporaron tanto el Archivo del Grefier con la documentación anterior a 1808, ubicado durante todo el periodo napoleónico en la Casa de los Consejos, como el propio archivo de los franceses, el Archivo General de la Corona. Además, no tardaron en producirse los primeros ingresos de documentación.
Para alojar convenientemente toda la documentación, el 18 de julio de 1814, Ignacio Pérez solicitó que el Archivo fuese ubicado en un lugar adecuado. Atendiendo esta petición, fue instalado, en 1815, en el lugar que ocupaban las Reales Guardias Españolas, el mismo emplazamiento que hoy ocupa bajo los arcos de la Plaza de la Armería. A partir de ese momento, el Archivo empezó a recibir transferencias de documentación de las distintas oficinas de la Real Casa y Administraciones Patrimoniales de forma regular.
Finalmente, el primer Reglamento General de la Real Casa, aprobado el 17 de noviembre de 1815 reconocía la existencia del Archivo como oficina independiente, con una planta compuesta por un archivero, cinco oficiales, dos escribientes y dos porteros, quedando definitivamente establecido que en el Archivo se reunirían, clasificarían y conservarían todos los documentos de la Real Casa, Capilla, Cámara, obras de Palacio y Real Patrimonio. El reglamento regulaba también unas mínimas normas para su funcionamiento, en cuanto a entrada y salida de documentación, redacción del inventario general, informes y expedición de certificados.
La historia del Archivo transcurrió con normalidad durante el siglo XIX. Reducido en su origen a la planta baja, a medida que se realizaban envíos de documentación, se fue agregando el sótano y el piso superior.
Sólo un episodio vino a turbar el trabajo en el Archivo. Por Real Orden de 29 de diciembre de 1848 Isabel II decidió instalar un teatro dentro de los muros del Palacio Real, encargando al arquitecto Narciso Pascual y Colomer buscar el lugar adecuado. Éste propuso instalarlo en los locales que ocupaba el Archivo General de la Real Casa. Sin tiempo para efectuar un traslado adecuado de la documentación, se procedió a la realización de las obras necesarias, como el derribo de tabiques, dejando la dependencia al descubierto, con la consiguiente desorganización y pérdida de documentación, así como daños en las magníficas estanterías de caoba del tiempo de Fernando VII, que todavía se conservan hoy en el Archivo. Tres años más tarde, se decretó la clausura del teatro palatino y seis años después, el 24 de julio de 1857, se dispuso que el Archivo volviera al local que había ocupado desde su origen.
Tras la Guerra Civil, que no afectó especialmente a los fondos documentales, se llevaron a cabo obras de restauración en sus locales, que, además de solucionar los deterioros producidos en techos, muros y ventanas, duplicaron su capacidad. Complemento de estas obras fueron las realizadas en 1963 y 1987, tras las que se consiguió una nueva ampliación en la superficie de depósitos. Actualmente el Archivo se distribuye en tres plantas con 53 salas y más de 12 kilómetros lineales de estanterías.